RBR-79h2ppx Analysis of intestinal mucosa and fat nearby the intestine in patients with Crohn's disease

Date of registration: 07/05/2023 ^(mm/dd/yyyy)
Last approval date : 03/10/2026 ^(mm/dd/yyyy)

Study type:

Observational

Scientific title:

Trial identification

• UTN code: U1111-1294-1047

• Public title:

  en

  Analysis of intestinal mucosa and fat nearby the intestine in patients with Crohn's disease

  pt-br

  Análise da mucosa intestinal e da gordura próxima ao intestino em pacientes com doença de Crohn

• Scientific acronym:

• Public acronym:
• Secondaries identifiers:
  • 78145517.0.0000.5404
    Issuing authority: Plataforma Brasil
  • 5.645.498
    Issuing authority: Comissão Nacional de Ética em Pesquisa

Sponsors

• Primary sponsor: Hospital de Clínicas - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
• Secondary sponsor:
  • Institution: Hospital de Clínicas - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
• Supporting source:
  • Institution: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - FAPESP
  • Institution: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - FAPEMIG

Health conditions

• Health conditions:

  en

  Crohn's Disease

  pt-br

  Doença de Crohn

• General descriptors for health conditions:

  en

  C06 Digestive System Diseases

  pt-br

  C06 Doenças do Sistema Digestório

• Specific descriptors:

  en

  C06.405.205.731.500 Crohn's Disease

  pt-br

  C06.405.205.731.500 Doença de Crohn

Interventions

• Interventions:

  en

  This is a cross-sectional observational study with 80 patients, 30 with Crohn's disease for collection of samples of intestinal mucosa and fat and mesenteric lymph node; 25 control patients who underwent ileocolonoscopy for biopsy of the intestinal mucosa of the terminal ileum; 25 control patients who underwent surgery for non inflammatory diseases of the left colon for fat biopsy of normal terminal ileum and mesenteric lymph node. In addition to collection of fecal and peripheral blood samples in the three groups described above. The study aims to identify the transcriptional profile of patients with active Crohn's disease, comparing it to the respective controls, aiming at a better molecular knowledge of the disease, in addition to creating bases for the development of biomarkers and potential therapeutic targets that can be used in the future. The last amendment submitted to the ethics committee has the additional objective of conducting a cross-sectional study mapping the signatures of regulatory T cells in the mesentery, intestine and blood of patients with Crohn's disease.

  pt-br

  Trata-se de um estudo observacional transversal com 80 pacientes, sendo 30 com doença de Crohn para coleta de amostra de mucosa e gordura intestinal e linfonodo mesenterial; 25 pacientes controles submetidos a íleocolonoscopia para biópsia de mucosa intestinal do íleo terminal; 25 pacientes controles submetidos a cirurgia por doenças não inflamatórias de cólon esquerdo para coleta de biópsia de gordura de íleo terminal normal e linfonodo mesenterial. Além de coleta de amostra fecal e de sangue periférico nos três grupos descritos acima. O estudo tem como objetivo identificar o perfil transcripcional de pacientes com doença de Crohn ativa, comparando aos respectivos controles, visando melhor conhecimento molecular da doença, além de criar bases para o desenvolvimento de biomarcadores e potenciais alvos terapêuticos que podem ser utilizados no futuro. Última emenda submetida ao comitê de ética tem como objetivo adicional realizar estudo transversal mapeando as assinaturas de células T reguladoras no mesentério, intestino e sangue de pacientes com doença de Crohn.

• Descriptors:

  en

  V03.175.500 Observational Study

  pt-br

  V03.175.500 Estudo Observacional

Recruitment

• Study status: Data analysis completed
• Countries
  • Brazil
• Date first enrollment: 10/25/2017 ^(mm/dd/yyyy)

• Target sample size:	Gender:	Minimum age:	Maximum age:
  80	-	18 Y	0

• Inclusion criteria:

  en

  Patients with endoscopic and histological diagnosis of ileocecal Crohn's disease undergoing surgical procedure. For the control group of distal ileum, patients who underwent colonoscopy for other reasons, whose examination comes without endoscopic changes. For the control group of mesenteric adipose tissue (intestinal fat), patients with non inflammatory diseases of the left colon undergoing surgery, with normal terminal ileum. All survey participants are over 18 years of age

  pt-br

  Pacientes com diagnóstico endoscópico e histológico de doença de Crohn ileocecal submetidos à procedimento cirúrgico. Para o grupo controle de íleo distal, pacientes submetidos à colonoscopia por outros motivos, cujo exame vem sem alterações endoscópicas. Para o grupo controle de tecido adiposo mesenterial (gordura intestinal), pacientes com doenças não inflamatórias de cólon esquerdo submetidos à cirurgia, com íleo terminal normal. Todos os participantes da pesquisa tem mais que 18 anos de idade

• Exclusion criteria:

  en

  The patients participating in the control groups without the use of medication. And Crohn's patients with disease locations other than the small intestine

  pt-br

  Os doentes participantes dos grupos controles sem uso de medicações. E doentes de Crohn com outras localizações da doença que não de intestino delgado

Study type

• Study design:

• Expanded access program	Purpose	Intervention assignment	Number of arms	Masking type	Allocation	Study phase

Outcomes

• Primary outcomes:

  en

  Expected outcome presentation 1: It is expected to identify the transcriptional profile of patients with active Crohn's disease, verified through sequencing analyzes and biological validation, based on the finding of modulation of transcript levels

  pt-br

  Apresentação do desfecho esperado 1: Espera-se identificar o perfil transcripcional de pacientes com doença de Crohn ativa, verificado por meio de análises de sequenciamento e validação biológica, a partir da constatação de modulação dos níveis de transcritos

  en

  Outcome presentation 1: Four patients with Crohn's disease who presented with ileal ulcers confirmed by endoscopy and histology were included in the study. The patients had a median disease duration of 11.5 years and a median Crohn's Disease Activity Index (CDAI) of 276.7. All patients underwent surgery due to complications associated with disease progression. Control samples were obtained from eight individuals who underwent bowel surgery for conditions unrelated to inflammatory bowel disease. These control individuals did not present with endoscopic, histological, or clinical signs of IBD. No significant differences were observed between the study groups in anthropometric, nutritional, hematological, or blood biochemical parameters, except for the waist-to-hip ratio, which was higher in the control group compared to patients with Crohn's disease. Total transcriptional analysis identified markers of T-cell signaling pathways in mesenteric adipose tissue associated with Crohn's disease.

  pt-br

  Apresentação do desfecho encontrado 1: Foram incluídos no estudo quatro pacientes com doença de Crohn que apresentavam úlceras ileais confirmadas por endoscopia e histologia. Os pacientes tinham uma duração mediana da doença de 11,5 anos e um Índice de Atividade da Doença de Crohn (CDAI) mediano de 276,7. Todos os pacientes foram submetidos à cirurgia devido a complicações decorrentes da progressão da doença. Amostras de controle foram obtidas de oito indivíduos submetidos à cirurgia intestinal por condições não relacionadas à doença inflamatória intestinal. Esses indivíduos controles não apresentavam sinais endoscópicos, histológicos ou clínicos de DII. Não foram observadas diferenças significativas entre os grupos de estudo nos parâmetros antropométricos, nutricionais, hematológicos ou bioquímicos sanguíneos, exceto na relação cintura-quadril, que foi maior no grupo controle em comparação com os pacientes com doença de Crohn. A análise transcricional total identificou marcadores das vias de sinalização de células T no tecido adiposo mesenterial associado à doença de Crohn.

• Secondary outcomes:

  en

  Expected outcome presentation 2: It is expected to find a significant alteration in the transcriptional signature of regulatory T cells in the mesentery, intestine and blood of patients with Crohn's disease, verified through sequencing analyzes and biological validation, from the levels of transcripts

  pt-br

  Apresentação do desfecho esperado 2: Espera-se encontrar alteração significativa na assinatura transcricional de células T reguladoras no mesentério, intestino e sangue de pacientes com doença de Crohn, verificada por meio de análises de sequenciamento e validação biológica, a partir dos níveis de transcritos

  en

  Outcome presentation 2: Patients with Crohn's disease presented a specific profile of differentially expressed regulatory T cells in mesenteric and intestinal adipose tissues.

  pt-br

  Apresentação do desfecho encontrado 2: Pacientes com doença de Crohn apresentaram um perfil específico de células T reguladoras diferencialmente expressas nos tecidos adiposo mesenterial e intestinal.

Summary Results

• Date posted: 10/17/2025 ^(mm/dd/yyyy)

• Baseline char:

  en

  In the single-cell cohort, four Crohn's disease (CD) patients (2 males and 2 females; median age: 34 years) were compared to four individuals who provided mesenteric adipose tissue (MAT) (2 males and 2 females; median age: 56 years). All Crohn's disease (CD) patients presented with ileocecal disease, with a median disease duration of 11.5 years. According to the Montreal classification, the age at diagnosis was A1 in one patient and A2 in three; the disease location was L1 in one patient and L3 in three; and the disease behavior was B3 in all patients. One patient had perianal disease. Three patients were receiving immunosuppressive therapy, and two were undergoing treatment with anti-tumor necrosis factor-alpha (anti-TNF-α). All patients had endoscopically and histologically confirmed ileal ulcers, with a median Crohn’s Disease Activity Index (CDAI) of 276.7. In the flow cytometry cohort, the Crohn's disease (CD) group mirrored the demographic and clinical characteristics of the single-cell cohort. The cohort also included eight control mesenteric adipose tissue (MAT) samples (3 males and 5 females; median age, 59.5 years) and three control ileal mucosa samples (median age, 66 years).
  

  pt-br

  Na coorte de células individuais, quatro pacientes com doença de Crohn (DC) (2 homens e 2 mulheres; idade mediana: 34 anos) foram comparados a quatro indivíduos que forneceram tecido adiposo mesentérico (TAM) (2 homens e 2 mulheres; idade mediana: 56 anos). Todos os pacientes com doença de Crohn (DC) apresentavam doença ileocecal, com duração mediana da doença de 11,5 anos. De acordo com a classificação de Montreal, a idade ao diagnóstico foi A1 em um paciente e A2 em três; a localização da doença foi L1 em ​​um paciente e L3 em três; e o comportamento da doença foi B3 em todos os pacientes. Um paciente apresentava doença perianal. Três pacientes estavam recebendo terapia imunossupressora e dois estavam em tratamento com anti-fator de necrose tumoral alfa (anti-TNF-α). Todos os pacientes apresentavam úlceras ileais confirmadas endoscopicamente e histologicamente, com um Índice de Atividade da Doença de Crohn (CDAI) mediano de 276,7. Na coorte de citometria de fluxo, o grupo com doença de Crohn (DC) apresentou características demográficas e clínicas semelhantes às da coorte de células individuais. coorte. A coorte também incluiu oito amostras de tecido adiposo mesentérico (TAM) de controle (3 homens e 5 mulheres; idade mediana de 59,5 anos) e três amostras de mucosa ileal de controle (idade mediana de 66 anos).

• Participants flow:

  en

  The study recruited 23 patients: 6 with Crohn's disease and 17 controls. Of this group, 11 patients were successfully sequenced for single-cell analysis, including 4 patients with Crohn's disease, 4 mesenteric control participants, and 3 mucosal control participants. For the flow cytometry analysis, the same patients whose samples were effectively sequenced (single-cell) participated, as did 4 additional control participants. Samples were collected from the other participants in the study; however, since they did not meet the quality requirements for single-cell sequencing, they were stored for other planned and approved analyses under the umbrella project.

  pt-br

  O estudo recrutou um total de 23 pacientes: 6 com doença de Crohn e 17 controles. Desse grupo, 11 pacientes foram efetivamente sequenciados para análise de Single Cell, incluindo 4 pacientes com doença de Crohn, 4 participantes-controle de mesentério e 3 participantes-controle de mucosa. Para a análise de citometria de fluxo, participaram os mesmos pacientes, cujas amostras foram efetivamente sequenciadas (single-cell), e, adicionalmente, outros 4 participantes-controle. Os demais participantes da pesquisa tiveram as amostras coletadas, porém, como não atenderam à qualidade necessária para o sequenciamento single-cell, foram armazenadas para outras análises previstas e aprovadas no projeto guarda-chuva.

• Adverse events:

  en

  No adverse effects were reported.

  pt-br

  Não foram observados efeitos adversos.

• Outcome measure:

  en

  For the processing of biological samples, peripheral blood was subjected to density gradient centrifugation with Ficoll® Paque Plus for Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) isolation, while mesenteric adipose tissue underwent enzymatic digestion with Collagenase II and deoxyribonuclease (DNase) I to obtain the stromal vascular fraction, and mesenteric lymph nodes were mechanically dissociated; all resulting cell suspensions were treated with Ammonium Chloride Potassium (ACK) lysis buffer for red blood cell removal and maintained in Roswell Park Memorial Institute (RPMI) medium with 10% fetal bovin serum (FBS) on ice. Subsequently, the cells were enriched for the CD4+CD25+ population using the magnetic separation system (MACS®) in two selection steps, with the enriched fraction loaded onto a Chromium Next Gel Beads-in-emulsion (GEM) Chip G for GEM generation and construction of 3’ Gene Expression libraries (10x Genomics v3.1). Finally, after quality control on the Agilent Bioanalyzer, single-cell ribonucleic acid (RNA) sequencing was performed in paired-end mode on the Illumina NovaSeq 6000 system.

  pt-br

  Para o processamento das amostras biológicas, o sangue periférico foi submetido à centrifugação em gradiente de densidade com Ficoll® Paque Plus para isolamento de células mononucleares do sangue periférico (PBMC), enquanto o tecido adiposo mesentérico foi submetido à digestão enzimática com colagenase II e desoxirribonuclease (DNase) I para obtenção da fração estromal vascular, e os linfonodos mesentéricos foram dissociados mecanicamente; todas as suspensões celulares resultantes foram tratadas com solução de lise de cloreto de amônio e potássio (ACK) para remoção de hemácias e mantidas em meio RPMI (Roswell Park Memorial Institute) com 10% de soro fetal bovino (SFB) em gelo. Posteriormente, as células foram enriquecidas para a população CD4+CD25+ utilizando o sistema de separação magnética (MACS®) em duas etapas de seleção, com a fração enriquecida carregada em um chip Chromium Next Gel Beads-in-emulsion (GEM) G para geração de GEM e construção de bibliotecas de expressão gênica 3’ (10x Genomics v3.1). Finalmente, após o controle de qualidade no Agilent Bioanalyzer, o sequenciamento de ácido ribonucleico (RNA) de célula única foi realizado no modo de leitura pareada no sistema Illumina NovaSeq 6000.

• Results summary:

  en

  Crohn's disease is characterized by the disruption of intestinal immune homeostasis, in which dysfunction of regulatory T cells (Tregs) plays a central role in pathogenesis. This study aimed to characterize Treg profiles in distinct anatomical compartments, such as peripheral blood mononuclear cells, mesenteric lymph nodes, and mesenteric adipose tissue, using single-cell ribonucleic acid (RNA) sequencing (scRNA-seq) and flow cytometry. To this end, 12 patients (4 with Crohn's disease and 8 controls) were included in the flow cytometry analysis, and 8 of these (4 with Crohn's disease and 4 controls) had their samples sequenced after magnetic enrichment of CD4⁺CD25⁺ cells. Results revealed marked immune dysregulation in Crohn's disease, with persistent T cell activation and reduced naïve T cell subsets in mesenteric lymph nodes and peripheral blood mononuclear cells. The mesenteric adipose tissue showed the most substantial changes, with increased pro-inflammatory regulatory T cells subpopulations. It is concluded that this tissue-resolution approach highlights distinct immune alterations in Crohn's disease, emphasizing the immunopathological relevance of mesenteric adipose tissue and providing a basis for future therapies focused on the compartmental dysregulation of the disease.

  pt-br

  A doença de Crohn é caracterizada pela ruptura da homeostase imune intestinal, na qual a disfunção das células T reguladoras desempenha um papel central na patogênese. Este estudo teve como objetivo caracterizar os perfis de células T reguladoras em distintos compartimentos anatômicos, como células mononucleares do sangue periférico, linfonodos mesentéricos e tecido adiposo mesentérico, utilizando sequenciamento de RNA de célula única (scRNA-seq) e citometria de fluxo. Para tanto, 12 pacientes (4 com doença de Crohn e 8 controles) foram incluídos na análise por citometria de fluxo, e 8 deles (4 com doença de Crohn e 4 controles) tiveram suas amostras sequenciadas após enriquecimento magnético de células CD4⁺CD25⁺. Os resultados revelaram uma acentuada desregulação imune na doença de Crohn, com ativação persistente de células T e redução de subconjuntos de células T virgens em linfonodos mesentéricos e células mononucleares do sangue periférico. O tecido adiposo mesentérico apresentou as alterações mais substanciais, com aumento das subpopulações de células T reguladoras pró-inflamatórias. Conclui-se que essa abordagem com resolução tecidual destaca alterações imunológicas distintas na doença de Crohn, enfatizando a relevância imunopatológica do tecido adiposo mesentérico e fornecendo uma base para futuras terapias focadas na desregulação compartimental da doença.

Data Sharing Plan

• Data Sharing Plan:

  en

  Yes

  pt-br

  Sim

  es

  Si

• Data Sharing Description:

  en

  The public availability of the research data will be carried out with the authorization of the research participant through the informed consent form, and provides for the sharing of transcriptional analyses in public databases, such as GEO (Gene Expression Omnibus) https:// www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/, managed by the NIH (National Institute of Health). When sharing this data, it is always ensured that there will be no disclosure of identifiers (name, affiliation, address, hospital registration number), but relevant information for the interpretation of the genetic data of the data may be included (gender, age, country and region of origin, diagnosis, and other pertinent clinical information). The data will be available when the scientific article is published in full in an indexed scientific journal.

  pt-br

  A disponibilização pública dos dados da pesquisa será realizada mediante autorização do participante da pesquisa por meio do termo de consentimento livre e esclarecido, e prevê o compartilhamento de análises transcricionais em bancos de dados públicos, como o GEO (Gene Expression Omnibus) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/, cujo gestor é o NIH (National Institute of Health). No compartilhamento desses dados é sempre assegurado que não haverá divulgação dos identificadores (nome, filiação, endereço, número de registro hospitalar), mas poderão ser incluídas informações relevantes para a interpretação dos dados genéticos dos dados (sexo, idade, país e região de procedência, diagnóstico e outras informações clínicas pertinentes). Os dados estarão disponíveis quando o artigo científico for publicado na íntegra em revista científica indexada.

Contacts

• Public contact
  • Full name: Raquel Franco Leal
  • • Address: Rua Tessália Vieira de Camargo, 126, Cidade Universitária Zeferino Vaz
    • City: Campinas / Brazil
    • Zip code: 13083887
  • Phone: +55(19)35218592
  • Email: rafranco.unicamp@gmail.com
  • Affiliation: Universidade Estadual de Campinas
   
• Scientific contact
  • Full name: Raquel Franco Leal
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  • Affiliation: Universidade Estadual de Campinas
   
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