Public trial
RBR-8hmb2r Studying the progression and the consequences of the new Coronavirus in Brazil
Date of registration: 07/27/2020 (mm/dd/yyyy)Last approval date : 07/27/2020 (mm/dd/yyyy)
Study type:
Observational
Scientific title:
en
Multicenter study of the natural history of the new Coronavirus SARS-CoV-2 in Brazil
pt-br
Estudo multicêntrico da história natural do novo Coronavírus SARS-CoV-2 no Brasil
Trial identification
- UTN code: U1111-1255-9610
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Public title:
en
Studying the progression and the consequences of the new Coronavirus in Brazil
pt-br
Estudando a progressão e as consequências do novo Coronavírus no Brasil
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Scientific acronym:
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Public acronym:
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Secondaries identifiers:
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CAAE: 32874720.8.1001.5262
Issuing authority: Plataforma Brasil
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Número do Parecer: 4.148.652
Issuing authority: Comitê de Ética em Pesquisa do Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas- INI/Fiocruz
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CAAE: 32874720.8.1001.5262
Sponsors
- Primary sponsor: Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas/Fundacao Oswaldo Cruz (INI/Fiocruz)
-
Secondary sponsor:
- Institution: Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas/Fundacao Oswaldo Cruz (INI/Fiocruz)
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Supporting source:
- Institution: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPQ)
- Institution: Departamento de Ciência e Tecnologia do Ministério da Saúde
Health conditions
-
Health conditions:
en
Coronavirus disease 2019; Betacoronavirus; Pneumonia; Severe acute respiratory syndrome
pt-br
Doença por coronavírus 2019; Betacoronavírus; Pneumonia; Síndrome respiratória aguda grave
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General descriptors for health conditions:
en
C01 Infections
pt-br
C01 Infecções
es
C01 Infecciones
en
C08 Respiratory tract diseases
pt-br
C08 Doenças respiratórias
es
C08 Enfermedades respiratorias
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Specific descriptors:
Interventions
-
Interventions:
en
The prospective cohort of patients with suspected influenza-like illness (defined as the occurrence of fever and respiratory symptoms) and household contacts will undergo thorough clinical and laboratory evaluation that includes testing for respiratory virus infections and other conditions considered relevant. Subjects with a confirmed diagnosis of COVID-19 will be followed up in the participating centers of the study. Recruitment of non-hospitalized patients Patients with clinical suspicion of the flu-like syndrome will be evaluated consecutively and will be invited to participate in the study, and will be included after signing the Informed Consent Form (ICF). After inclusion (D0), the team will perform the clinical evaluation and record the sociodemographic and epidemiological data, symptoms, and activities, as well as information regarding the use of medications and other therapeutic strategies. Biological samples will be collected for laboratory tests and storage in the biorepository, according to the study protocol. Scheduled visits will occur for all participants on D14+/-3, D21+/-3, D28+/-3, D56+/-7, D128+/-7, D168+/-7, and d336+/-7 after the onset of symptoms. On these visits, the same instruments will be applied, and biological samples will be collected. Non-scheduled visits for the study may take place under the following conditions: 1) significant worsening of the respiratory condition; 2) adverse event in the instituted treatment; 3) decompensation of an underlying disease; 4) at the discretion of the study team (e.g., reassessment). On these unscheduled visits, in addition to the instruments defined for scheduled visits, a questionnaire will also be applied that contemplates the cause of unscheduled visits. Additional tests may be requested by the attending physician for care purposes. However, the samples collected for these tests will not be stored in the study biorepository. To monitor the symptomatology of the patients included, the designated research team may contact the participant by telephone and/or at home for the collection of information related to the evolution of the symptoms, if the patient needed to be hospitalized or go to the health unit after the inclusion of the study, use of medications, updating the results of laboratory tests and/or for scheduling a new scheduled visit or updating the information collected in the instruments used in the scheduled visits. Recruitment of hospitalized patients The hospitals participating in the study will send their list of hospitalized patients to the team responsible for recruitment, at least twice a week, with an interval of 3 days. Hospitalized patients with suspected or confirmed SARS-CoV-2 infection will be invited to participate in the study. If the patient has a severe condition, and it is unable to sign the ICF, a family member will be contacted. After signing the consent form, clinical, sociodemographic, and epidemiological information, symptoms and activities will be collected, as well as information regarding the use of medications and other therapeutic strategies, which can be obtained from the hospital medical records. Collection of biological samples will be carried out for storage in the biorepository, and, if necessary, tests that have not been made available by the hospital will be performed. The scheduled visits will be carried out in the inpatient unit or the patient's residence, in case of hospital discharge. In these visits, the same instruments will be applied, and biological samples collected. Non-scheduled visits for the study may take place under the following conditions: 1) significant worsening of the respiratory condition; 2) adverse event in the instituted treatment; 3) decompensation of an underlying disease; 4) at the discretion of the study team (e.g., reassessment). On these unscheduled visits, in addition to the instruments defined for scheduled visits, a questionnaire will also be applied that contemplates the cause of unscheduled visits. Additional tests may be requested by the attending physician for care purposes. However, the samples collected for these tests will not be stored in the study biorepository. To monitor the symptomatology of the patients included, the designated research team may contact the participant by telephone and/or at home for the collection of information related to the evolution of the symptoms, if the patient needed to be hospitalized or go to the health unit after the inclusion of the study, use of medications, updating the results of laboratory tests and/or for scheduling a new scheduled visit or updating the information collected in the instruments used in the scheduled visits. Besides, evolution during hospitalization, such as transfers to intensive care units, need for intubation, ventilation, level of consciousness, the prognosis of organic dysfunction, and possible interventions used. Recruitment of home contacts After identifying the patient with the flu-like syndrome, the study team will conduct a home visit to invite household contacts to participate in the study. This recruitment should be done within 72 hours of the inclusion of the index patient in the study. At this time, the patient's PBMC, PaxGene? , and serum will also be collected if they are in home isolation. After signing the ICF, clinical, sociodemographic, and epidemiological information, symptoms, and activities, as well as information regarding the use of medications, will be collected. Biological samples will be collected for laboratory tests and storage in the biorepository, regardless of whether the participant presents symptoms of the disease. Contacts who test positive, either by the RT-PCR method or by serology, will receive the follow-up visits. Until D14, we will contact patients on Mondays, Wednesdays, and Fridays. If any contact has symptoms, we will perform a new visit to collect respiratory swabs and perform RT-PCR. On the D14+/-3 visit, a new sample for the SARS-CoV-2 serological test will be collected from the contacts who were negative in the first sample. If the SARS-CoV-2 test continues to be negative, the study will be terminated for this participant. Telephone contact for monitoring signs and symptoms may be made. A seroepidemiological survey in the blood bank and of health professionals Blood bank For the seroepidemiological survey as proof of concept, we will start the study in the blood banks located in the cities where the REPLICK researchers are based and who have already committed to participate in the research (Mato Grosso do Sul-HEMOSUR, Fortaleza-HEMOCE, Rio de Janeiro-HEMORIO). Based on the experience gained, we will expand the study to other capitals of Brazil, with the aim of covering at least one state in each of the five regions of the country. All blood donors will provide informed consent prior to enrollment. The selection criteria of the participants will be as follows: age equal or greater than 18 years and equal or greater than 1 year of residence in the city of the study (initially Campo Grande, Fortaleza, and Rio de Janeiro). Potential participants will be approached when they appear for blood donation at the above-mentioned referral centers. Each center will aim to enroll a minimum of 300 participants in order to provide 95% confidence intervals for an estimated seroprevalence of 50% and 4% accuracy. We will repeat the recruitment process every 15 days for 12 weeks. Depending on epidemiological indicators, these recruitment periods may be extended, principally if social isolation measures are still in place in the different cities. We will interview participants using a standardized form to collect sociodemographic data and previous history of the flu-like syndrome and obtain 16 mL of blood from the blood donor during the routine venous puncture used for collection in the blood centers. The sample will be centrifuged, divided into aliquots, refrigerated at -20 ºC, and transported to the different centers, where it will be stored at – 20 ºC in a biorepository until the testing is performed. Tests will be performed by a rapid test or ELISA to detect specific IgG and IgM antibodies against SARS-CoV-2. We will describe the sociodemographic characteristics of the participants and the history of previous flu-like syndrome by absolute and relative frequencies and measures of central tendency and dispersion. Seroprevalence will be calculated to describe the frequency of SARS-CoV-2 infections (IgG or IgM positive) among the participants tested. This indicator will be calculated for all participants from each city and will be stratified by specific characteristics of the participants (such as age, gender, socioeconomic level, and previous history of SARS-CoV-2 infection). Confidence intervals of 95% will be used for measurements of seroprevalence. Health professionals Health professionals and/or health workers (who work in the units in which the participants of the cohort will be recruited) will also be invited to participate in the study, regardless of the presence of symptoms of the flu-like syndrome. The health professional/health worker will be included in the study if they work at least 4 consecutive hours in the emergency care or hospitalization units of confirmed cases of COVID-19. They will be subjected to a collection of epidemiological and clinical data, oropharyngeal material, and 10 ml of blood for detection of SARS-CoV-2 infection or disease (COVID-19) via RT-PCR or serological tests, which will be carried out by the project team in its own room for the study. If the result of RT-PCR is positive, the participant will be referred for medical attention. Every 15 days, up to a total of 12 weeks, participants will receive a follow-up visit to check for signs/symptoms of flu-like syndrome and collection of biological material (respiratory secretion of the oropharynx and blood). All participants will receive biosecurity information on all visits. The sample will be calculated per the recruitment unit in order to provide 95% confidence intervals for an estimated seroprevalence of 50% and 4% accuracy. Participants with a positive qRT-PCR result will be invited to participate in component 5.1 of this protocol. Analysis of genes associated with the establishment of the molecular pattern of infection via microarray We will analyze gene populations from the search for associated genes using the base written on “gene-wide and phenomenon-wide association” chips through microarray in Illumina®, according to the technique specified by the manufacturer. We will begin research with molecular markers (SNP) related to acute and chronic inflammation and inflammatory joint disease. As a basis, we will use two initial chips – Infinium Omni2. 5-8 and Infinium QC Array-24. The experiments will be conducted at the Genomic Medicine center at the Faculty of Medicine of Ribeirão Preto – FMRP–USP. Analysis of polymorphisms in SARS-CoV-2 receptors in human cells The 3D structures of ACE2 (PDB code 3QR2) and CD147 (PDB code 1R42) will be used to study the structural effects of polymorphisms observed in the regions of receptor interaction and SARS-CoV-2. Structures involving viral-receptor protein complexes (PDB code 2AJF) will also be used or modeled via molecular docking using HADDOCK (60) and RosettaCommons (61). Mutant protein models will be generated via comparative modeling using MODELLER (62). The mCSM-stability (63) and DUET (64) and DynaMut (65) platforms will be used to predict the effects of polymorphisms on protein stability. Other potential molecular effects, including changes in protein-protein and protein-ligand affinity will also be evaluated using mCSM-PPI2 (66) and mCSM-lig, respectively. Supervised learning techniques will be used to assess correlations between mutation effects and patient prognosis. Polymorphisms identified in regions of interaction with viral S protein will be genotyped by real-time PCR using hydrolysis probes specific to each SNP. The insertion/deletion of a sequence of 287 bp in the ACE gene will be genotyped by qPCR from the dissociation curve analysis, as described by Pinheiro et al. (68). Amplification and fluorescence detection will be carried out in the ViiA 7 Real-Time PCR System (Thermo Fisher). In the analysis of the association between polymorphisms and the final outcome, the effect of genomic ancestry will be considered, since differences in the genetic structure of the study groups may result in false-positive associations. To infer genomic ancestry, 48 autosomal SNPs will be genotyped by qPCR, using hydrolysis probes (69). The QuantStudio 12k Flex OpenArray (Thermo Fisher) platform will be used for amplification and fluorescence detection. Allelic, genotypic frequencies, and Hardy-Weinberg equilibrium deviations (Hwe) will be calculated for all polymorphisms using Arlequin software v. 3.5 (70). The haplotypes will be inferred from the genotypic data using the software PHASE (71). Individual ancestry will be estimated using the Bayesian algorithm implemented in the Structure software (72). To test the association between polymorphisms and the variables of interest (infection evolution and ancestry) regression models will be adjusted using the SNPassoc package on the platform R. SARS-CoV-2 sequencing The preparation of DNA libraries will be carried out with short inserts and the sequencing for NGS Illumina ® Miseq platform will be carried out according to the manufacturer's standards. The nucleotide sequences will be edited in the DNASTAR Lasergene software and then aligned with sequences from various regions of Brazil and the world using the Clustal W program implemented in MEGA 6.0 (73). The alignments will be analyzed using the PhyML 3.0 program, which, based on the characteristics of the aligned sequences, uses the maximum likelihood ratio to determine which parameters will be used in the construction of the phylogenetic tree and the estimates of such parameters. Evolutionary analyses will be conducted in the MEGA X program. Detection and quantification in the serum of cytokines and chemokines Dosages of IL-6, TNF-alpha, G-CSF, GM-CSF, IL-8, IL-1 beta, IL-10, IL-2, IL-17, IL-12P70, IL-4, IFN-g, and bFGF mediators will be performed using Quantikine® HS human (R&D Systems) ELISA kits, as instructed by the manufacturer. The measurements of granzyme B, CCL2, CCL3, CCL5, CXCL6, CXCL9, CXCL10, CXCL13 mediators will be performed using ELISA Quantikine® Human kits (R&D Systems), as instructed by the manufacturer. Obtaining and isolation of mononuclear cells from peripheral blood Whole blood with sodium heparin will be collected for the extraction of peripheral blood mononuclear cells (PBMC). The PBMC isolation process will occur within 2 hours after collection to prevent cell loss. For this, the cells will be separated from the whole blood using density gradient separation medium (Histopaque®), followed by a series of washings to obtain the least number of residues during their isolation. After isolation, the number of cells will be calculated, followed by preservation in a freezing solution containing dimethylsulfoxide (DMSO) and fetal bovine serum. These samples will be stored in liquid nitrogen (-195 °C) for further analysis of the cellular immune response profile. 5.3.6 Immunophenotyping of peripheral mononuclear cells Flow cytometry technique will be used to determine the percentage of B lymphocytes, TCD4 + lymphocytes, TCD8 + lymphocytes, NK cells, and monocytes (CD14+CD16- and CD14+CD16++) from peripheral blood mononuclear cells. Fluorochrome conjugated monoclonal antibodies (BD Biosciences) will be used, and the sample reading will be performed in FACSCanto II (BD Biosciences) and the data will be analyzed using the FlowJo® software. 5.3.7 Functional analysis of mononuclear cells (MNCs) Mass cytometry (CyTOF) will be used to evaluate various cell types and functions present in acute COVID-19 infection. In the CyTOF assay, antibodies for protein detection are labeled with metals, usually from the lanthanide family, rather than fluorophores. This technique allows the simultaneous detection of several proteins with high sensitivity when compared to conventional cytometry, and in which the fluorophores used may present overlapping fluorescence, and consequently, cause erroneous results. In short, the cells will be thawed and subjected to activation using peptides of the virus SARS-CoV-2 and a nonspecific cocktail (PMA+ionomycin or CD3+CD28+). Subsequently, the cells will be incubated with Brefeldin A. After washing, the cells will be incubated with antibodies conjugated for labeling cell surface markers. Next, the cells will be fixed with paraformaldehyde and permeabilized with saponin. Afterward, the cells will be incubated with anti-cytokine antibodies conjugated with metals, according to the panel below. Cell suspensions will undergo signal strength analysis in mass cytometry equipment at Stanford University, CA, USA. In order to analyze these dimensional data, we will use several parallel approaches. First, FlowJo (Tree Star) will be used to manually group immune cell populations (NK cells, monocytes, dendritic cells, T cells and B cells), and use a boolean approach to evaluate the expression of each activation or functional markers in these cell types. The statistical analysis will be performed using the Bonferroni test in order to determine the differences in the production of specific chemokines and cytokines between the main cell lines present in the experimental groups. In addition, to identify unique phenotypic and functional differences, which are standard propagation protocols that cannot detect, we will use unsupervised hierarchical methods to identify cellular subsets that differ between groups, known as Citrus. Citrus uses learning algorithms in an unsupervised device to identify groups of single cells that differ significantly between groups. Thus, the approach used by Citrus will determine which cell subsets are unique to people who are infected with COVID-19. In addition to the Citrus algorithm, we will use multivariate analysis to discover the significant directions of clinical results, which will allow us to include several epidemiological parameters for modeling immune responses to COVID-19. Constitution of the study biorepository The REBRACOVID biorepository is an organized bank of human biological material and its associated information, which has been collected and stored for research purposes, as detailed in its respective protocol, in accordance with current legislation (Res. CNS No. 441/2011). This biorepository will consist of the following specimens: respiratory swab in viral transport medium (nasal and oropharynx), serum, whole blood, and blood samples collected in the PaxGene® tubes. All the samples cited, which will have been collected in the recruiting centers will be stored in an ultra freezer (-80 C), initially, in the local biorepository, already previously established in each center through the activities of REPLICK. The current biorepository will also store extracts of peripheral blood mononuclear cells and these will kept under cryopreservation in liquid nitrogen (-196 C). It is worth noting that all samples will be collected according to the schedule described in the protocol. Considering the speed of inclusion of participants in the recruiting centers in line with the planning of the analyses, the transfer, and shipping of the collected samples will be carried out in a controlled and systematic way from the local biorepositories to the central biorepository, located in Ribeirão Preto, where the translational analyses of the protocol will be conducted. It is noteworthy that the institutional transfers of samples will be agreed on through the transfer of biological material agreement. In this document the researcher responsible for sending and receiving the material, the quantity transferred and the purpose of each material sent will be declared. All stages of collection, transportation, processing, and storage of biological samples will be conducted by a specialized technical team, according to process flow described in the SOPs that have been reviewed and validated by the study coordination team. In order to obtain real-time management, from the moment of their collection, the samples will be identified in an electronic identification system (QR code), using labels resistant to storage at the required packaging temperatures (-80 C and -196 C). This biorepository will be managed using a biological sample management software, which is still in the selection phase.
pt-br
A coorte prospectiva de pacientes com suspeita de síndrome gripal (definida como a ocorrência de febre e sintomas respiratórios) e contatos domiciliares serão submetidos a avaliação clínica e laboratorial minuciosa incluindo a testagem para infecções por vírus respiratórios e outras condições consideradas relevantes. Os sujeitos com diagnóstico confirmado de COVID-19 serão seguidos nos centros participantes do estudo. Recrutamento de pacientes não hospitalizados Os pacientes com suspeita clínica de Síndrome Gripal serão avaliados de forma consecutiva e serão convidados a participar do estudo, sendo incluídos após a assinatura do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido (TCLE). Após a inclusão (D0), a equipe realizará a avaliação clínica e registrará os dados sociodemográficos e epidemiológicos, sintomas e atividades, além de informações referentes ao uso de medicamentos e outras estratégias terapêuticas. Amostras biológicas serão coletadas para realização de exames laboratoriais e armazenamento em biorrepositório, de acordo com o protocolo do estudo. Visitas programadas ocorrerão para todos os participantes em D14+/-3, D21+/-3, D28+/-3, D56+/-7, D128+/-7, D168+/-7 e D336+/-7 após início dos sintomas. Nestas visitas os mesmos instrumentos serão aplicados e amostras biológicas coletadas. Visitas não-agendadas para o propósito do estudo poderão ocorrer nas seguintes condições: 1) piora importante do quadro respiratório; 2) evento adverso de tratamento instituído; 3) descompensação de doença de base; 4) a critério da equipe do estudo (ex: reavaliação). Nestas visitas não agendadas, além dos instrumentos definidos para as visitas programadas será ainda aplicado questionário contemplando causa de visita não programada. Exames adicionais poderão ser solicitados pelo médico atendente com a função assistencial, entretanto as amostras coletadas para esses exames não serão armazenadas no biorrepositório do estudo. A fim de acompanhar a sintomatologia dos pacientes incluídos, a equipe da pesquisa designada poderá entrar em contato telefônico e/ou domiciliar para a coleta de informações relacionados a evolução dos sintomas, se paciente necessitou ser hospitalizado ou ir a unidade de saúde após a inclusão do estudo, uso de medicamentos, atualização do resultado de exames laboratorias e/ou marcação de nova visita programada ou atualização as informações coletadas nos instrumentos utilizados nas visitas programadas. Recrutamento de pacientes hospitalizados Os hospitais participantes do estudo enviarão a listagem de seus pacientes internados, para a equipe responsável pelo recrutamento, pelo menos duas vezes na semana, com intervalo de 3 dias. Os pacientes hospitalizados com suspeita ou confirmação da infecção por SARS-CoV-2, serão convidados a participar do estudo. Caso o paciente esteja com quadro grave e não seja possível realizar a assinatura do TCLE, um familiar será contatado. Após a assinatura do termo de consentimento, serão coletadas informações clínicas, sociodemográficas e epidemiológicas, sintomas e atividades, além de informações referentes ao uso de medicamentos e outras estratégias terapêuticas, que poderão ser obtidas do prontuário médico hospitalar. Coleta de amostras biológicas serão realizadas para armazenamento em biorrepositório e caso seja necessário a realização de exames que não tenham sido disponibilizado pelo hospital. As visitas programadas serão realizadas na unidade de internação ou na residência do paciente, em caso de alta hospitalar. Nestas visitas os mesmos instrumentos serão aplicados e amostras biológicas coletadas. Visitas não-agendadas para o propósito do estudo poderão ocorrer nas seguintes condições: 1) piora importante do quadro respiratório; 2) evento adverso de tratamento instituído; 3) descompensação de doença de base; 4) a critério da equipe do estudo (ex: reavaliação). Nestas visitas não agendadas, além dos instrumentos definidos para as visitas programadas será ainda aplicado questionário contemplando causa de visita não programada. Exames adicionais poderão ser solicitados pelo médico atendente com a função assistencial, entretanto as amostras coletadas para esses exames não serão armazenadas no biorrepositório do estudo. A fim de acompanhar a sintomatologia dos pacientes incluídos, a equipe da pesquisa designada poderá entrar em contato telefônico e/ou domiciliar para a coleta de informações relacionados a evolução dos sintomas, uso de medicamentos, atualização do resultado de exames laboratorias e/ou marcação de nova visita programada ou atualização as informações coletadas nos instrumentos utilizados nas visitas programadas. Bem como evolução durante hospitalização, como transferências para unidades de terapia intensiva, necessidade de entubação, ventilação, nível de consciência, prognóstico de disfunção orgânica, e possíveis intervenções utilizadas. Recrutamento de contactantes domiciliares Após a identificação do paciente com Síndrome Gripal, a equipe do estudo irá realizar uma visita domiciliar, para convidar os contactantes intradomiciliares a participarem do estudo. Esse recrutamento deverá ser feito até 72 horas a inclusão do paciente índice no estudo. Nesse momento será coletado também o PBMC, PaxGene? e soro do paciente se estiver em isolamento domiciliar. Após a assinatura do TCLE, serão coletadas informações clínicas, sociodemográficas e epidemiológicas, sintomas e atividades, além de informações referentes ao uso de medicamentos. Amostras biológicas serão coletadas para realização de exames laboratoriais e armazenamento em biorrepositório, independente de apresentarem sintomas da doença. Os contactantes que testarem positivo, seja pelo método de RT-PCR ou através de sorologia, seguirão com as visitas de acompanhamento. Até o D14 entraremos em contato com os pacientes segunda, quarta e sexta. Se algum contactante apresentar sintomas, iremos realizar uma nova visita para coleta de swabs respiratórios e realização de RT-PCR. Na visita D14+/-3, será coletada nova amostra para teste sorológico de SARS-CoV-2 dos contactantes que na primeira amostra foram negativos. Caso a testagem para SARS-CoV-2 continue negativa o estudo se encerrará para esse participante. Contatos telefônicos para acompanhamento de sinais e sintomas poderão ser realizados. Inquérito soroepidemiológico em banco de sangue e profissionais de saúde Banco de sangue Para o inquérito soroepidemiológico como prova de conceito, devemos iniciar o estudo nos hemocentros localizados nas cidades dos pesquisadores do REPLICK que já se comprometeram a participar da pesquisa (Mato Grosso do Sul - HEMOSUL, Fortaleza - HEMOCE, Rio de Janeiro - HEMORIO). Com base na experiência adquirida, expandiremos o estudo para outras capitais do Brasil, com o objetivo de cobrir pelo menos um estado em cada uma das cinco regiões do país. Todos os doadores de sangue fornecerão consentimento informado antes da inscrição. Os critérios de seleção dos participantes serão: idade igual ou superior 18 anos e igual ou superior a 1 ano de residência na cidade do estudo (inicialmente Campo Grande, Fortaleza e Rio de Janeiro). Os potenciais participantes serão abordados no momento que comparecerem para doação de sangue nos Centros de Referência supracitados. Cada centro terá como objetivo inscrever um mínimo de 300 participantes, a fim de fornecer 95% de confiança para uma soroprevalência estimada de 50% e 4% de precisão. Repetiremos o processo de recrutamento a cada 15 dias durante 12 semanas. A critério dos indicadores epidemiológicos, esses período de recrutamento poderá se estender principalmente se as medidas de isolamento social ainda estiverem vigentes nas diferentes cidades. Entrevistaremos os participantes usando um formulário padronizado para coletar dados sociodemográficos e história prévia de Síndrome Gripal e obteremos 16 mL de sangue do doador de sangue durante a punção venosa de rotina usada para coleta nos hemocentros. A amostra será centrifugada, dividida em alíquotas, refrigeradas a -20ºC e transportadas para os diferentes centros, onde serão armazenadas a -20ºC em um biorrepositório até o teste. Os testes serão realizados por teste rápido ou ELISA para detectar anticorpos específicos de IgG e IgM contra o SARS-CoV-2. Descreveremos as características sociodemográficas dos participantes e a história de Síndrome Gripal prévia por frequências absolutas e relativas e medidas de tendência central e dispersão. A soroprevalência será calculada para descrever a frequência de infecções por SARS-CoV-2 (IgG ou IgM positivo) entre os participantes testados. Este indicador será calculado para todos os participantes de cada cidade e será estratificado por características específicas dos participantes (como idade, sexo, nível socioeconômico e histórico anterior de infecção por SARS-CoV-2). Para as medidas de soroprevalência serão utilizados intervalos de confiança de 95%. Profissionais de saúde Profissionais e/ou trabalhadores de saúde que atuam nas unidades nas quais serão recrutados os participantes do item 5.1 serão convidados a participar do estudo, independentemente de presença de sintomas de síndrome gripal. O profissional/trabalhador será incluído no estudo se atuar, no mínimo 4 horas consecutivas, nas unidades de pronto atendimento ou de internação de casos de COVID-19 confirmados. Serão submetidos a uma coleta de dados epidemiológicos e clínicos, material de orofaringe e 10mL de sangue para detecção de infecção pelo SARS-CoV-2 ou doença (COVID-19) através do RT-PCR ou testes sorológicos, que será realizada pela equipe do projeto em sala própria para o estudo. Se o resultado do RT-PCR for positivo, o participante será encaminhado para atendimento médico. A cada 15 dias, até completar 12 semanas, os participantes receberão uma visita de acompanhamento, para verificação do aparecimento de sinais/sintomas de síndrome gripal e coleta de material biológico (secreção respiratória de orofaringe e sangue). Todos os participantes receberão informações de biossegurança em todas as visitas. A amostra será calculada por cada unidade de recrutamento a fim de fornecer 95% de confiança para uma soroprevalência estimada de 50% e 4% de precisão. Os participantes com resultado qRT-PCR positivo serão convidados a participar do componente 5.1 deste protocolo. Análise de genes associados ao estabelecimento do padrão molecular da infecção via microarray Iremos analisar, populações de genes à partir da busca de genes associados utilizando a base escrita em chips “gene-wide and phenome-wide association” através de microarray em Illumina®, de acordo com a técnica especificada pelo fabricante. Iniciaremos a pesquisa com marcadores moleculares (SNP) relacionados a inflamação aguda e crônica e doença articular inflamatória. Iremos utilizar como base dois chips iniciais Infinium Omni2.5-8 e Infinium QC Array-24. Os experimentos serão realizados no Centro de Medicina Genômica da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto – FMRP-USP. Análise de polimorfismos em receptores de SARS-CoV-2 nas células humanas As estruturas 3D de ACE2 (PDB code 3QR2) e CD147 (PDB code 1R42) serão utilizadas para estudar os efeitos estruturais de polimorfismos observados nas regiões de interação receptor e SARS-CoV-2. Estruturas envolvendo complexos proteína viral-receptor (PDB code 2AJF) também serão utilizados ou modelados via docking molecular usando HADDOCK(60) e rosettaCommons(61). Modelos de proteínas mutantes serão gerados via modelagem comparativa utilizando MODELLER(62). As plataformas mCSM-Stability(63) e DUET(64) e DynaMut(65) serão utilizadas na predição dos efeitos dos polimorfismos na estabilidade proteica. Outros potenciais efeitos moleculares, incluindo alterações em afinidade proteína-proteína e proteína-ligante também serão avaliados utilizando mCSM-PPI2(66) e mCSM-lig(67), respectivamente. Técnicas de aprendizado supervisionado serão utilizadas para avaliar correlações entre efeitos de mutações e prognóstico de pacientes. Os polimorfismos identificados em regiões de interação com a proteína S viral serão genotipados por PCR em tempo real utilizando sondas de hidrólise específicas para cada SNP. A inserção/deleção de uma sequência de 287 pb no gene ACE será genotipada por qPCR a partir da análise da curva de dissociação como descrito por Pinheiro et al.(68). A amplificação e detecção de fluorescência serão feitas no ViiA 7 Real Time PCR System (Thermo Fisher). Na análise de associação entre os polimorfismos e o desfecho final será considerado o efeito da ancestralidade genômica, uma vez que diferenças na estrutura genética dos grupos de estudo podem resultar em associações falso-positivas. Para inferir a ancestralidade genômica serão genotipados 48 SNPs autossômicos por qPCR utilizando sondas de hidrólise(69). A plataforma QuantStudio 12K Flex OpenArray (Thermo Fisher) será utilizada para amplificação e detecção de fluorescência. As frequências alélicas, genotípicas e desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) serão calculados para todos os polimorfismos usando o software Arlequin v.3.5(70). Os haplótipos serão inferidos a partir dos dados genotípicos utilizando o software PHASE(71). A ancestralidade individual será estimada utilizando o algoritmo bayesiano implementado no software Structure (72). Para testar a associação entre polimorfismos e as variáveis de interesse (evolução da infecção e ancestralidade) serão ajustados modelos de regressão utilizando o pacote SNPassoc na plataforma R. Sequenciamento do SARS-CoV-2 O preparo das bibliotecas de DNA será realizado com insertos curtos e o sequenciamento para plataforma NGS Illumina® Miseq, será realizado conforme normas do fabricante. As sequências nucleotídicas serão editadas no software DNASTAR Lasergene e então alinhadas com sequências de várias regiões do Brasil e do mundo usando o programa Clustal W implementado em MEGA 6.0 (73). Os alinhamentos serão analisados utilizando-se o programa PhyML 3.0, que usa a razão de máxima verossimilhança para determinar, com base nas características dos seqüenciamentos alinhados, quais parâmetros serão usados na construção da árvore filogenética e as estimativas de tais parâmetros. As análises evolutivas serão conduzidas no programa MEGA X. Detecção e quantificação no soro de citocinas e quimiocinas As dosagens dos mediadores IL-6, TNF-alpha, G-CSF, GM-CSF, IL-8, IL-1 beta, IL-10, IL-2, IL-17, IL-12p70, IL-4, IFN-g, e bFGF serão realizadas utilizando kits de ELISA Quantikine® HS Human (R&D Systems), conforme instruções do fabricante. As dosagens dos mediadores granzima B, CCL2, CCL3, CCL5, CXCL6, CXCL9, CXCL10, CXCL13 serão realizadas utilizando kits de ELISA Quantikine® Human (R&D Systems), conforme instruções do fabricante. Obtenção e isolamento de células mononucleares do sangue periférico Sangue total com heparina de sódio será coletado para extração de células mononucleares do sangue periférico (PBMC). O processo de isolamento do PBMC irá ocorrer em até 2 horas após a coleta para evitar a perda de células. Para isso, as células serão separadas do sangue total usando gradiente de densidade (Histopaque®) seguido de uma série de lavagens para se obter o menor número de resíduos durante seu isolamento. Após o isolamento, será calculado o número de células, seguindo da preservação em uma solução de congelamento contendo dimetilsulfóxido (DMSO) e soro bovino fetal. Essas amostras serão armazenadas em nitrogênio líquido (-195°C) para posteriores análises do perfil de resposta imune celular. Imunofenotipagem de células mononucleares periféricas Será utilizada a técnica de citometria de fluxo para determinar a porcentagem de linfócitos B, linfócitos TCD4+, linfócitos TCD8+, células NK, e monócitos (CD14+CD16- e CD14+CD16++) a partir de células mononucleares do sangue periférico. Serão utilizados anticorpos monoclonais conjugados a fluorocromos (BD Biosciences) , a leitura das amostras será realizada em FACSCanto II (BD Biosciences) e os dados serão analisados utilizando-se o software FlowJo®. Análise funcional das células mononucleares (MNCs) Será utilizado citometria de massa (CyTOF) para avaliar vários tipos de células e funções presentes na infecção aguda pelo COVID 19. No ensaio CyTOF, os anticorpos para a detecção das proteínas são marcados com metais, geralmente da família dos lantanídeos, ao invés de fluoróforos. Essa técnica permite a detecção simultânea de várias proteínas com alta sensibilidade quando comparada à citometria convencional, onde os fluoróforos utilizados podem apresentar fluorescência sobreposta, e consequentemente, originar resultados equivocados Resumidamente, as células serão descongeladas e submetidas a ativação por peptídeos do vírus SARS-CoV-2 e coquetel inespecífico (PMA+ionomycin ou CD3+CD28+). Em seguida, as células serão incubadas com Brefeldina A. Após lavagem, as células serão incubadas com anticorpos conjugados para marcadores de superfície. Na sequência, as células serão fixadas com paraformaldeído e permeabilizadas com saponina. Após, as células serão incubadas com anticorpos anti-citocinas conjugados com metais, de acordo com o painel abaixo. As suspensões celulares serão submetidas à análise de intensidade de sinal em equipamento de citometria de massas na Universidade de Stanford, CA, EUA. Para analisar estes dados dimensionais, vamos usar várias abordagens paralelas. Primeiramente será utilizado FlowJo (TreeStar) para agrupar manualmente as populações de células imunitárias (células NK, monócitos, células dendríticas, células T e células B), e utilizar abordagem booleana para avaliar a expressão de cada ativação ou marcadores funcionais nestes tipos de células. A análise estatística será realizada pelo teste de Bonferroni a fim de determinar as diferenças na produção de quimiocinas e citocinas específicas entre as principais linhagens de células presentes nos grupos experimentais. Além disso, para identificar diferenças fenotípicas e funcionais únicas, que os nossos protocolos de propagação padrão poderiam não detectar, será utilizado métodos hierárquicos sem supervisão para identificar subconjuntos celulares que diferem entre os grupos, usando análise conhecida como Citrus. O Citrus usa algoritmos de aprendizado em um aparelho não supervisionado para identificar grupos de células únicas que diferem significativamente entre os grupos. Assim, a abordagem utilizada pelo Citrus irá determinar quais subconjuntos celulares são exclusivos para as pessoas que estão infectadas pela COVID-19. Além do algoritmo do Citrus, usaremos a análise multivariada para descobrir os significantes direcionamentos dos resultados clínicos, o que nos permitirá incluir vários parâmetros epidemiológicos para um modelo de respostas imunes ao COVID-19. Constituição de biorrepositório do estudo O biorrepositório REBRACOVID constitui um banco organizado de material biológico humano e suas informações associadas, coletados e armazenados para fins de pesquisa, conforme detalhamento do seu respectivo protocolo, em conformidade com a legislação vigente (Res. CNS nº 441/2011). Este biorrepositório será composto pelas seguintes espécimes: swab respiratório em meio de transporte viral (naso e orofaringe), soro, sangue total e amostras de sangue coletadas em tubo paxgene. Todas as amostras citadas, coletadas nos centros recrutadores serão armazenadas em ultrafreezer (-80oC), inicialmente, em biorrepositório local, já previamente estabelecido em cada centro através das ações da Replick. O presente Biorrepositório contará ainda com o armazenamento de extratos de células mononucleares do sangue periférico, sendo estes mantidos em criopreservação em nitrogênio líquido (-196oC). Vale ressaltar que todas as amostras serão coletadas conforme cronograma descrito em protocolo. Considerando a velocidade de inclusão de participantes nos centros recrutadores em consonância com o planejamento das análises, a transferência e envio das amostras coletadas será realizada, de forma controlada e sistemática, dos biorrepositórios locais para o biorrepositório central, localizado em Ribeirão Preto, onde serão conduzidas as análises translacionais do protocolo. Ressalta-se que as transferências institucionais de amostras serão firmadas através do Termo de Transferência de Material biológico, documento no qual constará o pesquisador responsável pelo envio e pelo recebimento do material, a quantidade transferida e a finalidade de cada material enviado. Todas etapas de coleta, transporte, processamento e armazenamento de amostras biológicas serão conduzidas por equipe técnica especializada de acordo com fluxo de processos descritos em POPs especificos, revisados e validados pela equipe de coordenação do estudo. Com a finalidade de obter-se um gerenciamento em tempo real, desde a coleta as amostras serão identificadas a partir de um sistema de identificação eletrônico (QRcode), utilizando-se etiquetas resistentes a armazenamentos nas temperaturas de acondicionamento requeridas (-80o e -196oC). O presente biorrepositório contará com auxílio de um software de gestão de amostras biológicas, que ainda está em fase de escolha.
-
Descriptors:
en
V03.175.500 Observational Study
pt-br
V03.175.500 Estudo Observacional
es
V03.175.500 Estudio Observacional
en
E05.318.308.980.438 Health Surveys
pt-br
E05.318.308.980.438 Inquéritos Epidemiológicos
es
E05.318.308.980.438 Encuestas Epidemiológicas
en
N02.278.065.200 Blood Banks
pt-br
N02.278.065.200 Bancos de Sangue
es
N02.278.065.200 Bancos de Sangre
Recruitment
- Study status: Not yet recruiting
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Countries
- Brazil
- Date first enrollment: 08/03/2020 (mm/dd/yyyy)
- Date last enrollment: 08/03/2021 (mm/dd/yyyy)
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Target sample size: Gender: Minimum age: Maximum age: 1200 - 18 - 0 - -
Inclusion criteria:
en
Age equal to or greater than 18 years; Patients with fever and/or respiratory symptoms within 7 days; Contacts of patients with a flu-like syndrome
pt-br
Idade maior ou igual 18 anos; Pacientes com quadro de febre e/ou sintomas respiratórios, com até 7 dias de evolução; Contactantes de paciente com Síndrome Gripal
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Exclusion criteria:
en
Patients who are unable to participate in study visits. Patients with severe mental disorders or those from whom the collection of information due to communication disorders or lack of fluency in Portuguese or another language understood by the attending physician is impossible.
pt-br
Pacientes sem disponibilidade de participar das visitas do estudo; Pacientes com transtornos mentais graves ou que não permitam a coleta de informações por distúrbios de comunicação ou falta de fluência na língua portuguesa ou outro idioma compreendido pelo médico assistente.
Study type
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Study design:
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Expanded access program Purpose Intervention assignment Number of arms Masking type Allocation Study phase Other N/A 0 N/A N/A N/A
Outcomes
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Primary outcomes:
en
We expect to evaluate the natural history of the new coronavirus SARS-CoV-2 in Brazil
pt-br
Espera-se avaliar a história natural do novo coronavírus SARS-CoV-2 no Brasil
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Secondary outcomes:
en
We expect to describe the clinical manifestations of SARS-CoV-2 infection and its evolution in patients followed in different states of the Brazilian territory
pt-br
Espera-se descrever as manifestações clínicas da infecção por SARS-CoV-2 e sua evolução em pacientes acompanhados em diferentes Unidades Federativas do território brasileiro
en
We expect to investigate the risk factors and prognoses associated with severity, focusing on severe acute respiratory syndrome
pt-br
Espera-se investigar os fatores de risco e prognósticos associados a gravidade, com foco na Síndrome Respiratória Aguda Grave
en
We expect to correlate immunological, genetic and virological aspects with clinical manifestations and severity in patients with COVID-19
pt-br
Espera-se avaliar a correlação de aspectos imunológicos, genéticos e virológicos com as manifestações clínicas e gravidade nos pacientes com COVID-19
en
We expect to investigate the relationship between polymorphisms in human proteins that participate in the interaction with SARS-CoV-2 with susceptibility and clinical evolution of COVID-19
pt-br
Espera-se investigar a relação entre polimorfismos em proteínas humanas que participam da interação com SARS-CoV-2 com suscetibilidade e evolução clínica da COVID-19
en
We expect to predict, from the use of machine learning techniques, patients who will evolve to the severe form of the disease
pt-br
Espera-se predizer, a partir do uso de técnicas de machine learning, pacientes que irão evoluir para forma grave da doença
en
We expect to investigate the prevalence of active and previous infection in symptomatic and asymptomatic households contacts
pt-br
Espera-se investigar a prevalência de infecção ativa e pregressa em contactantes domiciliares sintomáticos e assintomáticos
en
We expect to determine the average incubation period and rate of infectivity in households contacts
pt-br
Espera-se determinar o período médio de incubação e taxa de infectividade em contatos domiciliares
en
We expect to analyze the phylogenetic relationship between viral isolates identified in Brazil with other countries of the world
pt-br
Espera-se analisar o relacionamento filogenético entre os isolados virais identificados no Brasil com outros países do mundo
en
We expect to verify the occurrence of transmission networks among individuals infected with SARS-CoV-2
pt-br
Espera-se verificar a ocorrência de redes de transmissão entre os indivíduos infectados pelo SARS-COV-2
en
We expect to describe and estimate the socioeconomic and psychosocial impact of SARS-CoV-2 infection
pt-br
Espera-se descrever e estimar o impacto socioeconômico e psicossocial da infecção por SARS-CoV-2
en
We expect to describe the main sequelae in recovered patients
pt-br
Espera-se descrever as principais sequelas em pacientes recuperados
en
We expect to constitute a biorepository of clinically characterized samples that can be shared for the evaluation of diagnostic tests and biomarkers that advance the understanding and better clinical-therapeutic management of patients with SARS-CoV-2 infection
pt-br
Espera-se constituir um biorrepositório de amostras, caracterizadas clinicamente, que possam ser compartilhadas para a avaliação de testes diagnósticos e biomarcadores que avancem no entendimento e melhor manejo clínico-terapêutico de pacientes com infecção por SARS-CoV-2
en
We expect to investigate the seroprevalence of SARS-CoV-2 in blood banks over 12 weeks in different regions of Brazil
pt-br
Espera-se investigar a soroprevalência do SARS-CoV-2 em banco de sangue ao longo de 12 semanas em diferentes regiões do Brasil
en
We expect to investigate the seroprevalence of SARS-CoV-2 in health professionals
pt-br
Espera-se investigar a soroprevalência do SARS-CoV-2 em profissionais de saúde
en
We expect to compare seroprevalence according to gender, age groups, and social characteristics
pt-br
Espera-se comparar a soroprevalência de acordo com sexo, faixas etárias e características sociais
en
We expect to create serological and molecular panels to be used exclusively in public health action, using the samples of the biorepository
pt-br
Espera-se confeccionar painéis sorológicos e moleculares para serem utilizados exclusivamente em ações de saúde pública, a partir das amostras do biorrepositório
en
We expect to evaluate the performance and applicability of the RDT DPP ® COVID-19 IGM/IGG – Bio-Manguinhos rapid test, among others, for the diagnosis of the new Coronavirus SARS-CoV-2
pt-br
Espera-se avaliar o desempenho e aplicabilidade do teste rápido TR DPP® COVID-19 IGM/IGG - Bio-Manguinhos, entre outros, para diagnóstico do novo Coronavírus SARS-CoV-2
en
We expect to design, through mathematical modeling, the number of patients, deaths, and number of beds needed in the states and in Brazil as a whole
pt-br
Espera-se projetar através de modelagem matemática o número de pacientes, óbitos e número de leitos necessários nas Unidades Federativas e no Brasil
en
We expect to identify which isolation measures are needed and for how long they are needed in the different states and in Brazil as a whole
pt-br
Espera-se identificar quais e por quanto tempo as medidas de isolamento são necessárias nas diferentes Unidades Federativas e no Brasil
en
We expect to develop a real-time model adjusted by mobility parameters, seasonality, and seroepidemiological surveys over time in different states and in Brazil as a whole
pt-br
Espera-se desenvolver um modelo em tempo real ajustado por parâmetros de mobilidade, sazonalidade e inquéritos de soroepidemiológicos ao longo do tempo em diferentes Unidades Federativas e no Brasil
en
We expect to create a dashboard for managers and health departments with metrics and parameters used in the developed real-time model
pt-br
Espera-se confeccionar um dashboard para gestores e secretarias de saúde com métricas e parâmetros utilizados no modelo em tempo real desenvolvido
Contacts
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Public contact
- Full name: José Moreira
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- Address: Av Brasil 4365 Manguinhos, Hospital Evandro Chagas, sala 110, terreo
- City: Rio de Janeiro / Brazil
- Zip code: 21040-360
- Phone: +55(21)970358843
- Email: josemoreyyra@gmail.com
- Affiliation: Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas/Fundacao Oswaldo Cruz (INI/Fiocruz)
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Scientific contact
- Full name: André Siqueira
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- Address: Av Brasil 4365 Manguinhos
- City: Rio de Janeiro / Brazil
- Zip code: 21040360
- Phone: +55(21)967222701
- Email: amsiqueira@gmail.com
- Affiliation: Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas/Fundacao Oswaldo Cruz (INI/Fiocruz)
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Site contact
- Full name: Giselle Duarte
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- Address: Av Brasil 4365 Manguinhos
- City: Rio de Janeiro / Brazil
- Zip code: 21040-360
- Phone: +55(21)995538966
- Email: giselle.duarte@ini.fiocruz.br
- Affiliation: Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas/Fundacao Oswaldo Cruz (INI/Fiocruz)
Additional links:
Total de Ensaios Clínicos 16963.
Existem 8361 ensaios clínicos registrados.
Existem 4701 ensaios clínicos recrutando.
Existem 236 ensaios clínicos em análise.
Existem 5771 ensaios clínicos em rascunho.